Los genes los encuentras en el Inventario que esta al lado del establo de tus ponies.

Para poder ponérselos a un ponie, debes seleccionar al ponie que deseas que tenga los genes y simplemente los arrastras desde el inventario a la ventana del ponie (cuando arrastres los genes aparecen como difumados y con una X en una esquina, cuando lo pones sobre la ventana del ponie aparece una flecha curva y es allí cuando puedes soltarlo para que aparezca en el ponie) . Esperas unos instantes y aparecerán.

Lo siento si no me explique muy claro... tiendo a enredarme sola :'D Si te quedo alguna duda solo pregunta y volveré a explicarlo con imágenes :3